Episode 1 : Chasse à l'homme
Huit heures se sont écoulées depuis l'évasion : Michael, Lincoln, Sucre, C-Note et Abruzzi essaient de semer leurs poursuivants. Bellick est contraint de laisser le commandement des opérations à l'Agent Spécial Alexander Mahone du FBI dont l'ingénieuse approche va rendre la vie de Michael en tant que fugitif bien plus dure. Conséquence de son overdose, le Dr. Tancredi est dans un état critique. Quant à T-Bag, à moitié manchot, il doit affronter un ultime challenge...
Episode 2 : Otis
Abruzzi, C-Note et Sucre partent chacun de leur côté, alors que Michael et Lincoln projettent eux une nouvelle évasion : celle de LJ, devenu entre temps la cible de Mahone dans son désir de capturer les deux fugitifs au plus vite. Pope et Bellick doivent rendre compte de l'évasion des huits prisonniers devant leurs supérieurs, tandis que Tweener se retrouve à l'université, et T-Bag prends des mesures drastiques pour récupérer sa main
Episode 3 : Scan
Michael et Lincoln subissent une "course poursuite" en voiture avec l'agent Mahone, tandis que Sucre part arrêter Maricruz avant qu'elle anticipe quoi que se soit. C-Note est déterminé à réunir sa femme et sa fille au dépit de sa cavale. Alors qu'une tête familière surveille de près Sara, Bellick s'allie avec quelqu'un d'inattendu
Episode 4 : First Down
Bellick poursuit Michael, Lincoln et Nick, qui espèrent découvrir les 5 Millions cachés par Westmoreland. Une famille qui a pris T-Bag en auto-stop, apprend le danger qu'elle encoure, alors qu'Abruzzi rejoint sa famille et est déterminé à obtenir sa vengeance sur Fibonnoci. Kellerman rejoint Sarah, qui a reçu un appel lui disant qu'elle l'attendait, et Mahone finit par arrêter son premier homme
Episode 5 : Map 1213
Mahone s'intéresse soudainement au mythe de DB Cooper, et reçoit quelque chose de très spécial au sein du FBI. Pendant ce temps, Michael et Lincoln sont déterminés à être les premiers à trouver le butin de Westmoreland en Utah. Alors que T-Bag espère que sa mémoire ne flanchera pas, C-Note se retrouve dans un train, et Sucre fonce à Las Vegas arrêter le mariage de Maricruz. Kellerman piste toujours de très près le docteur Tancredi
Episode 6 : Subdivison
Michael et Lincoln sont en Utah à la recherche de la maison où sont cachés les Millions de Westmoreland. Alors que T-Bag se montre de bonne hospitalité, Haywire réapparait pour la première fois. Sucre rencontre un visage familier sur la route, tandis que l'intérêt de Mahone à la légende de DB Cooper, le rapproche de plus en plus des évadés
Episode 7 : Burried
Pour Michael c'est le jackpot, et Lincoln est déterminé à retrouver son fils LJ. Alors que le coeur de Kellerman balance, Tancredi est visée de près. Enfin, Tweener est contraint d'abandonner quelque chose
Episode 8 : Dead fall
Sucre, dans ses efforts pour s'emparer de la totalité de l'argent, va rencontrer quelques difficultés inattendues. Alors que Lincoln devra faire preuve d'imagination pour être avec son fils LJ, Mahone est très suspecté concernant la mort de Tweener. Tancredi se retrouve piégée et livrée à elle-même
Episode 9 : Unearthed
Pendant que Scofield arrive à s'approcher de la femme de Mahone, C-Note compte sur ses potes pour retrouver sa femme et sa fille. Lincoln et son fils sont sur le chemin du retour, mais pas pour très longtemps. Pendant ce temps T-Bag part retrouver l'amour, mais il est déjà trop tard
Episode 10 : Rendezvous
Michael et Sara sont enfin déterminés à se retrouver, mais l'Agent Mahone va tout faire pour les maintenir à l'écart... LJ et son père Lincoln se font intercepter par quelqu'un d'inattendu. Quand à Bellick, il va employer les gros moyens, peut-être pour rien
Episode 11 : Bolshoi Booze
Lincoln et son frère se rejoignent en plein desert, avec un être cher pour Michael. Tandis que l'Agent Mahone ne tarde pas à savoir où se trouvent les deux évadés. Pendant ce temps, T-Bag perd quelque chose pour en obtenir une autre, alors que Kellerman, lui, se trouve enfin avec Sarah, en tête à tête...
Episode 12 : Disconnect
Pendant que Michael, Lincoln, Sucre et Aldo s'apprêtent à rejoindre le lieu d’atterrissage de l’avion, Mahone les suit à la trace. Alors qu'un cas d’extrême urgence oblige C-Note a faire un faux pas fatal, Bellick et Kellerman se retrouvent en mauvaise posture
Episode 13 : The killing box
Michael et son frère retournent à Fox-River, mais le chemin du retour ne sera pas sans embuche. Pendant ce temps, T-Bag fait deux rencontres, dont une qui lui rappelle bien des souvenirs... Sucre se voit obligé de sauter de l'avion, alors que Bellick, dépité, se retrouve dans la cellule d'Avocado
