Pour ma part, je le vois plutôt dans l'autre sens, en suivant les traductions de chef Gingitsune :
Pein a "créé" l'Akatsuki, dans le but d'apporter la peine sur le monde, certainement en créant une arme basée sur les Bijuus.
-> Pour cela, il aurait simplement eu besoin de combattre un jinchuuriki une fois, qui maitrise sa bête (donc d'entrevoir la puissance des bijuus - défaite de Nagato et mort de Yahiko? -> seule solution pour que le bijuu ne meurt pas avec le jinchuuriki). Ensuite, il se serait renseigné sur leur puissance et mieux préparé à leur tenir tête. Création du garage à bestiole.
Par contre, récolter des infos sur tous les pays et leurs bijuus, les rechercher, les chasser tout en restant tant que possible dans l'ombre, etc... Tout ça était peut-être un peu trop pour Nagato et Konan.
Et c'est là-dessus que Madara aurait pu apporter sa patte pour "organiser". Chasser des ninjas très côtés pour récolter des fonds et pouvoir payer de nouvelles infos. Recruter de puissants ninjas, ayant quitté leur village ou même en passe de le quitter (intérêt d'avoir été Mizukage de Madara - accès à énormément d'infos).
Après, c'est certainement Madara qui a entendu parler de l'Akatsuki et qui a cherché à la rejoindre, plutôt que l'inverse. Madara me parait le roi pour agir dans l'ombre, vivre des années et des années sans que personne ne le voit. Enfin, d'une conversation entre Madara, Pein et Konan n'aurait pu naitre que ce qui est actuellement. Pein conserve son rôle de Leader officiel, le chef aux yeux des autres membres, et il est "Dieu" aux yeux de tous les autres et répend la "bonne parole". Madara, dans l'ombre, s'occupe de tout. Il contrôle tout, a le pouvoir de tuer qui bon lui semble, mais reste totalement invisible.
D'ailleurs, je tiens encore à différencier "Tobi" et Madara, car on sait que Tobi a rejoint l'Aka récemment, mais il est très probable que Madara était là depuis bien longtemps. Zetsu, Kisame, Itachi, etc, ont pu arriver après cela. Je vois d'ailleurs mieux Madara trouver les mots pour convaincre de telles personnalités. Donc même si c'est Pein (ou d'autres) qui va recruter les gens, il aura eu les consignes avant, etc. Nagato aura certainement compris, plus ou moins, les projets de Madara. Mais vu qu'ils n'allaient pas à l'encontre de ce que voulait Pein, aucune raison de se priver de l'avantage qu'apportait Madara.
En voyant les choses ainsi, je trouve que chacun d'eux y trouve sa place. Aucune raison de ne pas continuer comme cela. D'ailleurs, que Nagato se laisse marcher dessus par Madara parfois n'est pas gênant aux yeux de Nagato. Il a déjà endurer le pire. Maintenant, tout ce qui compte, c'est de pouvoir instaurer une paix durable, quoi qu'il doive en subir.
D'ailleurs, à ce sujet, je me demande encore quels sont les sentiments de Nagato à la dernière page du
chap 364...